Já é a segunda implementação de SCCM 2012 que faço e utilizando o SQL Server 2012 e notei um problema em comum nos dois casos, não permitir utilizar o SQL Server Reporting Service como Reporting Point para o SCCM 2012. Todas as outras roles e funcionalidades do SCCM 2012 funcionam normalmente com o SQL Server 2012.
Na primeira implementação não tinha muito tempo para depurar e tentar encontrar o que era, apenas me contive na lista de compatibilidades do SCCM 2012 em http://technet.microsoft.com/en-us/library/gg682077.aspx e instalei o SQL Server 2008 R2.
Importante: O System Center 2012 SP1 anunciado para ser lançado em breve irá incluir o SQL Server 2012 na lista de compatibilidade
SINTOMA
Após instalar o SQL Server 2012 e executar os prereqs do SCCM a instalação ocorre com sucesso e a configuração das roles do SCCM 2012 é possivel, exceto Reporting Point.
Ao tentar adicionar a role Reporting Point no SCCM 2012 com o banco de dados sendo o SQL Server 2012 não aparece a instância do Reporting Services para ser selecionada.
CAUSA
O SQL Server Reporting Services (SRSS) 2012 não é compativel com o SCCM 2012, pois na consulta WMI do wizard é utilizado uma cláusula de filtro para retornar as instâncias do SRSS utilizando a versão (2005, 2008 e 2008R2) como parametro, o que não retorna o SRSS na versão 2012.
O mesmo não acontece com o validador de pré-requisitos na instalação do SCCM 2012 pois ele utiliza uma cláusula de consulta a versão do SQL Server invertida da que é utilizada acima, onde é pesquisado versões acima da SQL Server 2005 e não uma lista fixa das versões.
SOLUÇÃO
Instale a feature Reporting Services do SQL Server 2012, pois o Service Pack 1 do System Center que será liberado em breve dará suporte ao SQL Server 2012. Na ocasião exporte os relatórios customizados (arquivos rdp) e remova a role Reporting Point, adicionando em seguida já na instância do SQL Server 2012.
Durante este periodo, instale apenas a feature SQL Server Reporting Services do SQL Server 2008 R2. Não é necessário instalar mais nenhum recurso do SQL Server 2008 R2, já que a base de dados do SRSS 2008 R2 pode utilizar o SQL Server 2012 como banco de dados normalmente.
Configure o Reporting Services do SQL Server 2008 criando uma base de dados no SQL Server 2012 e faça o backup da chave, para quando sair o System Center 2012 SP1 seja possivel utilizar o mesmo banco de dados de relatórios, apenas configurando o Reporting Services do SQL Server 2012.