A cerca de 3 meses eu precisei mudar o drive onde os arquivos ficavam originalmente (c:\WSUS). Foi necessário entrar no registry e alterar manualmente o caminho, mas depois funcionou normalmente. A chave é HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Update Services\Server\Setup.

Porem ontem o problema foi mais dificil de resolver. O nosso servidor WSUS foi promovido (parabens servidor !!!) a um Domain Controller. O problema é que isso gerou a quebra dos SIDs que eram utilizados no SQL Server Express, já que não utilizamos o Windows Internal Database. O processo foi meio complicado:

1) Deletar a base de dados SUS no SQL Server 
2) Desinstalar o IIS ou apagar o site WSUS e o Application Pool WSUS
3) Apagar toda a chave de registry HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Update Services
4) Rodar o programa que limpa as informações sobre a instalação existente: MSIZAP T {2C0D7E35-EE6E-4DC7-BA13-2C68AEDEB59D} Entrar no registry e apagar todas as entradas de serviço do WSUS, são diversos em HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services
5) Verifique se os diretórios C:\Program Files\Update Services e o diretório de instalação do SQL Server estão limpos ou deletados
6) Reinstale o IIS
7) Reinstale o WSUS

Este método não é o melhor, pois vc perdeu todas as configurações e será necessário reconfigurar, porem ao fazer a sincronização não será necessário baixar novamente os pacotes, apenas a base do MBSA.